增值税专用发票的电子发票（以下简称电子发票）与纸质发票的主要区别在于开具方式、存储方式和应用场景。以下是两者的一些主要不同点：

1. 开具方式：

   - 纸质发票：通常由开票方手工填写或通过打印机打印，并加盖发票专用章。

   - 电子发票：通过电子发票管理系统在线开具，无需加盖发票专用章。

2. 存储方式：

   - 纸质发票：需要物理存储空间，如发票夹、文件柜等。

   - 电子发票：以电子形式存储，占用空间小，易于管理。

3. 应用场景：

   - 纸质发票：适合传统交易场景，如面对面交易。

   - 电子发票：适合线上交易、移动支付等数字化场景，可以实现无纸化交易。

4. 传递方式：

   - 纸质发票：通过邮寄、快递等方式传递。

   - 电子发票：通过电子邮件、手机应用程序或专门的电子发票平台传递。

5. 安全性和防伪性：

   - 纸质发票：可能存在伪造、变造的风险。

   - 电子发票：通过数字签名等技术手段保障其安全性和防伪性。

6. 查询和验证：

   - 纸质发票：查询和验证需要翻阅纸质文件。

   - 电子发票：可以通过电子发票管理系统或特定平台快速查询和验证。

7. 环保性：

   - 纸质发票：使用纸张，不环保。

   - 电子发票：减少纸质使用，环保节能。

8. 使用成本：

   - 纸质发票：涉及纸张、印刷、人工等成本。

   - 电子发票：主要涉及电子设备、网络和系统开发成本。

总之，电子发票相对于纸质发票，具有开具方便、存储高效、应用场景广泛、环保节能等特点，但同时也需要一定的技术支持和管理措施来确保其安全性和有效性。